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全省港航管理系统实行“三牌一门”体制，是全国最集成、精简、高效的省份之一。省港航管理中心同时挂省地方海事中心、省船舶检验中心的牌子，实行一套班子领导。全省共有市级港航管理机构12个，县级港航管理机构71个，基层站所156个。依法履行港口、航道、水路运输、地方海事和船舶检验等5大管理职能。